Jean-Philippe Bettendorff wurde am 25. August 1625 in Lintgen (Luxemburg) geboren. Nach einer humanistischen Ausbildung in Luxemburg, Trier (Deutschland), Cuneo (Italien) und Douai (Frankreich) trat er in den Jesuitenorden ein und wurde 1659 für eine Mission in Maranhão (Brasilien) bestimmt. Nach seiner Ankunft 1661 gründete er die erste feste Missionsstation der Jesuiten am Amazonas Aldeia dos Tapajós, aus der heute die Großstadt Santarém geworden ist. Danach geriet er in den Konflikt zwischen Jesuiten und Kolonisten, die sich gegen Schutzmaßnahmen für die indigene Bevölkerung stellten. Von 1662 bis 1693 war er fast durchgehend als Rektor von Jesuitenkollegien und als Leiter der Mission in Maranhão tätig.
Die Jahre 1684 bis 1688 verbrachte er am Königshof in Lissabon, um als Jurist die Rechte der Indigenen zu verteidigen, was zur Verabschiedung des Regimento das Missões (1686) führte, einem Gesetz,
das bis ins 19. Jahrhundert den Schutz der Indigenen in Brasilien sicherte.
Neben seiner missionarischen Tätigkeit engagierte sich Bettendorff als Wirtschaftsförderer z. B. durch die Einführung des Kakaoanbaus, als Künstler durch die Verbreitung des Barockstils und als Ethnograph. Als erster Europäer entdeckte er die Guaranápflanze. Er verfasste einen Katechismus für die Indigenen, gründete Bruderschaften und Wallfahrten und schrieb eine bedeutende Chronik über die Mission. Bettendorff starb am 5. August 1698 in Belém(Brasilien).